Oficina

Linguagem R aplicada às emergências

Carolina Musso

2024-12-19

Hoje

  • Uma conversa sobre o R

  • Apresentar as potencialidades

  • Tentar manipular um código de forma intuitiva

  • Ensinar a “o caminho das pedras” para dominar o R

Vigilância

Análises demais e tempo de menos

  • Muito tempo + softwares + profissionais

    • Maior possibilidade de erro

Bibliografia Principal

Documentos reprodutíveis

  • Economia de tempo

  • O processo não ficam atreladas a uma pessoa específica.

Mas o que é o R?

  • a Um programa de análise Estatística.

  • b Uma linguagem de programação.

  • c Um ambiente de programação.

  • d Uma comunidade.

  • TODAS AS ALTERNATIVAS!

O que é uma linguagem de programação?

  • Instruções que damos às máquinas resolver problemas.

    • É mais flexível e poderoso do que operar somente uma interface mais amigável.

Dois softwares

  • Um é a linguagem em si o cérebro: R

  • O outro é a interface: O RStudio

    • Existem outras formas de usar o R, mas a que considero mais intuitiva é o RStudio.

Outras vantagens

  • Gratuito e open source:
    • Vai conseguir usar sempre!
  • Um grande processo colaborativo:
    • O que você imaginar alguém já fez! (E provavelmente vai te ajudar)
  • “Conversa” com outras linguagens e ambientes.
    • LateX, Markdown, Python, Collab, GitHub…
  • REPRODUTIBIBILIDADE DAS SUAS ANÁLISES.
    • Bom pra você e para a ciência!

Cursos

Outras recomendações

Pacotes que usaremos hoje

Instalando o R

  • Sugiro seguir as instruções da mantenedora do RStudio, que é a Posit:

    • Instalar. www.posit.co

    • Canto superior direito

  • Tutorial

  • Resumindo: Baixe tanto o R quanto o RStudio e instale ambos seguindo a configuração padrão

Mais sobre a instalação

Pacotes

Não vamos falar do R “raiz” hoje.

  • Bem diferente de como foi criado nos anos 90

  • Rmarkdown

  • Quarto

Rmarkdown e Quarto

  • Liguagem para humanos x liguagem para máquina

  • RMarkdown foi desenvolvido com base nos princípios da Programação Literária, permitindo a integração de texto narrativo e código executável para documentar análises de forma clara e reprodutível.

  • Curiosidade: Quem inventou foi o Yihui engenheiro do RStudio pra fazer o dever de casa quando estava na faculdade …

Exemplos

Vamos ao RStudio!

  • Notícias g1

Você conseguiu diferenciar essas partes?

  • Cabeçalho

  • Texto

  • Código

Rmarkdown

  • Cabeçalho: Metadados, Linguagem YAML

  • Texto: Markdown

  • Código: R propriamente dito (chunks e inline)

Leituras

Tipos de documentos

  • HTML, PDF, Power Point, …

Exemplo PPT

---
title: "Título"
subtitle: "Subtitle"
date: "22/10"
output:
  powerpoint_presentation:
    reference_doc: template.pptx
---

Exemplo: HTML

---
title: "Untitled"
author: "Carolina Musso"
date: "2023-08-19"
output: html_document
---

Exemplo PDF

---
knit: (function(inputFile, encoding) {
  rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_file=paste0("Boletins/Boletim_Covid_View",
  format(as.Date(Sys.time()),'%d.%m.%y'), ".pdf"))})
output:
  pdf_document:
    fig_crop: false
    includes:
      in_header: Arquivos_auxiliares/preamble.tex
  word_document: default
mainfont: Arial
geometry: "left=3cm,right=3cm,top=2.5cm,bottom=2cm, headsep=1.5cm"
header-includes: |
  \usepackage{booktabs}
  \usepackage{float}
  \usepackage{newfloat}
  \usepackage{framed}
  \usepackage{color}
  \usepackage{float}
  \usepackage{fancyhdr}
  \usepackage[format=hang,font=small,labelfont=bf]{caption}
  \captionsetup{width=150mm}
  \usepackage{tabularx}
  \usepackage{array}
  \usepackage[brazil]{babel}
  \pagestyle{fancy}
  \fancyhead{}
  \fancyfoot{}
  \usepackage{graphicx}
  \usepackage{fancyhdr}
  \pagestyle{fancy}
  \setlength\headheight{25pt}
  \fancyhead[L]{\textbf{Gerência de Epidemiologia de Campo \\ Diretoria de Vigilância Epidemiológica }}
  \fancyhead[C]{\includegraphics[width = .2\textwidth]{Arquivos_auxiliares/gdf.png}} 
  \fancyhead[R]{\textbf{ Subsecretaria de Vigilância em Saúde\\ Secretaria de Saúde do Distrito Federal}}
  \lfoot{\today}\rfoot{Pag \thepage}
  \usepackage[default]{sourcesanspro}
  \usepackage[T1]{fontenc}
  \DeclareFloatingEnvironment[listname=loq, listname={Lisra de Quadros}]{quadro}
  \newenvironment{ctable}{\comicfont }{}
  \usepackage{enumitem,booktabs,cfr-lm}
  \usepackage[referable]{threeparttablex}
  \renewlist{tablenotes}{enumerate}{1}
  \makeatletter
  \setlist[tablenotes]{label=\tnote{\alph*},ref=\alph*,align=left,before={\footnotesize}}
  \makeatother
  \setlength\parindent{24pt}
  \usepackage{setspace}\doublespacing
  \usepackage{indentfirst}
  \usepackage{pdflscape}
  \newcommand{\blandscape}{\begin{landscape}}
  \newcommand{\elandscape}{\end{landscape}}
---

Boletim COVID GDF

Outras formas de apresentação

Enviar e-mails

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